L'organe délibérant du SYSEM est le Comité Syndical.
Il est composé de 23 délégués titulaires.
Toutes les intercommunalités membres du SYSEM y sont représentées.
Le nombre de représentants d'un territoire est calculé en fonction de son nombre d'habitants.
Le Bureau Syndical est composé du président du SYSEM et de 6 Vice-Présidents.